Una volta letto il romanzo di Key, Miyazaki decise di stravolgere la trama di Key, giudicata troppo seria per gli obiettivi ed il target imposti dalla NHK, per rendere la sua storia più vicina ad un "fumetto di azione": in termini temporali, la narrazione fu spostata avanti di 20 anni, dove il mondo, non più sterile a causa delle rovine post-belliche, è rinato e nuovamente ricoperto da immense distese di prati verdi, ed il cielo è finalmente ritornato azzurro. PROLOGO: "Luglio del 2008. L'umanità stava affrontando i fuochi dell'annientamento: armi Super-elettromagnetiche, migliaia di volte più distruttive delle armi nucleari, vaporizzarono all'istante gran parte delle terre emerse. La Terra fu sconvolta da grandi sommovimenti tettonici, ed il suo asse variò irrimediabilmente il suo corso. I cinque continenti vennero separati l'uno dall'altro, e sprofondarono sotto la superficie del mare." INTRODUZIONE:La storia inizia con un breve resoconto sulla guerra (che in pratica costituisce gran parte delle immagini della sigla iniziale italiana), quando immensi e minacciosi aerei devastano città e nazioni. In mezzo a quest'inferno, un gruppo di civili decide di scappare su una navicella spaziale per allontanarsi dalla Terra e colonizzare un nuovo mondo più ospitale. Purtroppo, in seguito alle esplosioni che sconvolgono la superficie terrestre, la navicella viene danneggiata e, una volta uscita dall'atmosfera, non riuscì a resistere alla forza di gravità terrestre, e ripiombò sulla Terra, più precisamente su un piccolo pezzo di terra rocciosa che poi diventerà "L'Isola Perduta"- Fra questi civili c'era anche il nonno (vero o putativo non si sa) di Conan, che, insieme al ragazzo, fu l'ultimo di quel gruppo a sopravvivere.
